蛋白质是一种两性化合物，有很强的表面活性，极容易吸附在聚合物表面上。蛋白质吸附在膜表面上常是形成污染的原因。据资料记载，当主体溶液中蛋白质的质量浓度为1mg/mL左右，在大气压下的吸附或操作过程中的加压吸附，可使膜的渗透流率下降40%左右；当主体溶液的蛋白质的质量浓度为0.001~0.01mg/mL时，膜面即可形成足够的吸附，使渗透流率下降37%。

调节料液的pH值远离等电点可使吸附作用减弱。但是，如果吸附是由于静电引力，则应将料液的pH值调节至等电点以达到减少蛋白质污染的目的。

在膜制备时，改变膜的表面极性和电荷，常可减轻污染。也可将膜先用吸附力较强的溶质吸附,则膜就不会再吸附蛋白质。如聚砚膜可用大豆卵磷脂的酒精溶液预先处理，醋酸纤维膜用阳离子表面活性剂处理，均可防止污染。