尽管双联管道过滤器具有一些优点，但也存在一些缺点，包括：

成本较高：相对于单通道过滤器，双联管道过滤器的设计和制造成本通常较高。由于需要多个通道、自动切换装置及监测系统等额外的组件，以及更复杂的工程设计和制造要求，这些因素都会增加过滤器的成本。

占用空间较大：双联管道过滤器由于需要提供并行的两个或多个通道，相比单通道过滤器，其体积和占地面积通常会更大。这可能在一些空间有限的应用场景中造成不便，尤其是需要集成于紧凑设备或系统中时。

维护复杂度增加：双联管道过滤器由于包含多个通道和相关的自动切换装置、监测系统等组件，因此在维护和保养方面相对较为复杂。需要定期检查、清洗、更换滤芯、校准自动切换装置等操作，增加了维护的难度和工作量。

故障风险增加：双联管道过滤器相对于单通道过滤器，由于引入了更多的组件和操作环节，其故障风险也相应增加。例如，自动切换装置、监测系统等组件可能存在故障或误操作的风险，如果无法及时发现和处理，可能会影响过滤器的正常运行和过滤效果。

运维要求较高：由于双联管道过滤器的复杂性，运维人员需要具备更高的技术水平和专业知识，以确保其正常运行和维护。这可能对一些使用环境资源有限或技术力量相对薄弱的场景带来挑战。

需要注意的是，这些缺点并不是普遍适用于所有双联管道过滤器，具体的情况可能因制造商、应用场景和设计要求的不同而有所差异。在选择和应用双联管道过滤器时，应综合考虑其优点和缺点，并根据实际需求进行权衡和选择。