尽管自清式过滤器具有较高的过滤效果和许多优点，但也存在一些缺点。以下是一些常见的缺点：

限制于过滤介质：自清式过滤器的过滤效果受到过滤介质的限制。不同类型的过滤介质适用于不同的应用场景，而某些特殊情况下可能没有合适的过滤介质可供选择。此外，过滤介质需要定期更换或清洗，这可能导致额外的维护成本和操作复杂性。

清洁效果有限：虽然自清式过滤器可以自动清洁过滤介质，但对于某些固结或粘附在介质上的污垢可能无法完全清除。这可能导致过滤效果下降，并需要定期进行人工清洁或维护。

设备复杂性和成本：自清式过滤器通常需要配备复杂的自动清洁机构或控制系统，以实现自动清洁功能。这些设备的设计、安装和维护都会增加成本和复杂性。此外，控制系统的可靠性和稳定性也需要得到保证，否则可能导致清洁操作失效或不按预期进行。

能耗较高：自清式过滤器的自动清洁机制通常需要消耗额外的能源，如压缩空气或电力。这会增加运行成本和能源消耗，尤其在大型或高流量的应用中更为明显。

限制于特定环境：某些特殊环境下，如高温、高压、腐蚀性介质等条件，可能限制了自清式过滤器的使用。一些特殊材料或设计可能需要用于适应这些恶劣环境，从而增加了复杂性和成本。

综上所述，虽然自清式过滤器具有许多优点，但也存在一些缺点。在选择和应用自清式过滤器时，需要全面考虑其优缺点，并根据实际需求和环境条件进行合理选择。